L'ABHDON est administrée par un conseil d'administration présidé par l'autorité gouvernementale chargée des ressources en eau.
Conformément à l'article 82 de la loi 36-15 relative à l'eau, le Conseil d’Administration:
- adopte Ie plan directeur d'aménagement intégré des ressources en eau et les plans locaux de gestion des eaux après leur examen et avis du conseil de bassin hydraulique prévu par I'article 91;
- adopte les autres plans établis par I'agence et prévus par la présente loi ;
- examine et adopte les programmes généraux d'activités annuels et pluriannuels de I'agence avant leur approbation par I'administration ;
- arrête Ie budget et les comptes de I'agence ;
- examine I'assiette et les tarifs des redevances d'utilisation du domaine public hydraulique proposés par I'agence à l'administration;
- fixe les frais de dossiers des demandes d'autorisations et de concessions d'utilisation du domaine public hydraulique;
- élabore Ie statut du personnel de I'agence avant d'être approuvé, dans les conditions prévues par la législation en vigueur relative au personnel des établissements publics;
- approuve les contrats de concessions et les conventions passes par I'agence de bassin;
- approuve les contrats de gestion participative conclus en vertu de la présente loi.
Le conseil d'administration peut créer tout comite auquel il confie I'examen de certaines affaires.